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Gleich nachdem Makoto Naegi das Gebäude der renommierten Eliteschule Hope‘s Peak Academy betreten hat, findet er sich in einem mörderischen Spiel mit vierzehn anderen Neuschülern wieder.

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Makotos Freundin Sayaka wurde in Makotos Zimmer ermordet. In dem von Monokuma inszenierten und allen eingeschlossenen Schülern durchgeführten Strafprozess ist Makoto deshalb der Hauptverdächtige.

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Die eingeschlossenen Schüler haben die ersten drei Toten noch nicht verkraftet, da gibt es schon das nächste Opfer. Von den ursprünglich 15 Schülern sind jetzt also nur noch elf übrig.

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Das Ermittlerteam der verbliebenen elf Schüler macht sich auf die Suche nach dem Mörder von Chihiro. Der Mörder kann nur einer der Ermittler sein.

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Monokuma gießt munter weiter Öl ins Panikfeuer. Diesmal gibt es gleich zwei Tote.

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Das bekannte Prozedere. In einem Strafprozess wird der/die Mörder/in von Hifumi Yamada und Kiyotaka Ishimaru ermittelt und anschließend vom Zeremonienmeister Monokuma hingerichtet.

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Monokuma schürt weiter fleißig Zwietracht unter seinen Geiseln.

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Es wird immer bedrückender in der Schule. Die Schüler beschuldigen sich bereits gegenseitig, als ein interessantes Indiz auftaucht, welches bei der Aufklärung des Mordes wichtig werden könnte...

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Wer und was steckt hinter Monokumas mörderischem Theater? Kyouko will das auf eigene Faust erkunden. Nur Makoto zieht sie ins Vertrauen. Im Botanischen Garten wird eine maskierte Leiche gefunden.

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Obwohl noch gar nicht klar ist, wer die Leiche ist, die im Garten gefunden wurde, gibt es wieder einen Strafprozess und wieder einen Schuldigen. Doch dann läuft das perfide Spiel diesmal nicht nach Monokumas Plan.

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Monokuma entschließt sich zu einem radikalen Schritt und Makoto findet heraus, wer der Drahtzieher hinter Monokumas perfidem Spiel ist.

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Ein großes Finale: extrem überraschend, total verstörend und hochdramatisch.